O Museu de Mértola nasce como resultado de diversos trabalhos arqueológicos, trabalhos de conservação e investigação levados a cabo pelo  Campo Arqueológico de Mértola.

Em 1989 é aberto ao publico o núcleo da Casa Romana com o objectivo de preservar os vestígios existentes na cave do edifício dos Paços do Concelho.

Aconteceu de seguida a inauguração da colecção lapidar pré-islâmica na Torre de Menagem do Castelo em 1991, a Basílica Paleocristã em 1993, a Ermida e Necrópole de S. Sebastião em 1999, a Oficina de Tecelagem em 2000 e, em 2001, os núcleos de Arte Sacra, da Forja do Ferreiro e da Arte Islâmica.

Museu de Mértola :

NÚCLEO DA BASÍLICA PALEOCRISTÃ

NÚCLEO DA ACHADA DE SÃO SEBASTIÃO

NÚCLEO ROMANO

NÚCLEO ISLÂMICO

NÚCLEO DA ARTE SACRA

FORJA DO FERREIRO

NÚCLEO DE TECELAGEM

NÚCLEO DO CASTELO